El Salvador có khí hậu nhiệt đới với mùa mưa và mùa khô rõ rệt. Nhiệt độ thay đổi chủ yếu theo độ cao và ít thay đổi theo mùa. Các vùng đất thấp Thái Bình Dương nóng và ẩm đều; cao nguyên trung tâm và miền núi trở nên vừa phải.

Mùa mưa, được biết đến tại địa phương là invierno, hoặc mùa đông, kéo dài từ tháng 5 đến tháng 10. Hầu như tất cả lượng mưa hàng năm và độ ẩm cao nhất xảy ra trong thời gian này và tổng lượng mưa hàng năm, đặc biệt là trên sườn núi phía nam, có thể cao tới 2.000 mm (78,7 in). Các khu vực được bảo vệ và cao nguyên trung tâm nhận được ít hơn, mặc dù vẫn có lượng đáng kể. Lượng mưa trong mùa này thường xuất phát từ áp lực thấp trên Thái Bình Dương và thường rơi vào những cơn giông bão lớn. Mặc dù thỉnh thoảng các cơn bão hình thành ở Thái Bình Dương, chúng hiếm khi ảnh hưởng đến El Salvador, với ngoại lệ đáng chú ý của bão Mitch vào năm 1998 (đã hình thành trên lưu vực Đại Tây Dương) và Bão Emily vào năm 1973.

Từ tháng 11 đến tháng 4, gió mậu dịch đông bắc kiểm soát các kiểu thời tiết. Trong những tháng này, không khí chảy từ vùng biển Caribe đã mất phần lớn độ ẩm trong khi đi qua những ngọn núi ở Honduras. Vào thời điểm không khí này đến El Salvador, nó khô, nóng và mù mịt. Mùa này được biết đến ở địa phương là verano hoặc mùa hè.

Nhiệt độ thay đổi ít theo mùa; độ cao là yếu tố quyết định chính. Vùng đất thấp Thái Bình Dương là vùng nóng nhất, với mức nhiệt độ trung bình hàng năm từ 25 đến 29 °C (77,0 đến 84,2 °F). San Salvador là đại diện của cao nguyên trung tâm, với nhiệt độ trung bình hàng năm là 23 °C (73 °F) và nhiệt độ cao và thấp tuyệt đối lần lượt là 38 °C và 6 °C (100,4 °F và 42,8 °F). Khu vực núi là mát nhất, với nhiệt độ trung bình hàng năm từ 12 đến 23 °C (53,6 đến 73,4 °F) và nhiệt độ tối thiểu đôi khi tiếp cận đóng băng.